小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
孩子胃痛和腹泻，这应该是由不卫生的食物或太油腻的食物引起的。七岁儿童如果腹泻，不应该服用成人止泻药。应该是吃儿童专用药物可以吃一些药物，如果有炎症感染，听医生的意见吃一些药物。
孕妇慢性肠胃炎的话，是肠道菌群紊乱所导致的，补充一些益生菌来缓解此情况，腹泻的厉害可以使用止泻药物进行止泻，腹泻频繁需要及时补充水分和电解质以免出现脱水和电解质紊乱。饮食要清淡，以流食为主，很快会恢复正常。
慢性肠炎主要症状无特异性，多数有不同程度的消化不良症状，主要有反复性的腹部胀痛，疼痛部位不确切，通常发生在饭后，大便稀薄并带有黏液，有的甚至带有少量脓血，排便次数增多，每日2次到3次或更多。
慢性肠炎是有由细菌、病毒或者寄生虫引起的胃肠道疾病。治疗慢性肠炎时需根据细菌药物敏感实验结果选用合适的抗菌药物。还有就是需要补充足够的液体以及纠正电解质和酸中毒。建议在日常生活中要有良好的用餐习惯，不吃变质和不干净的食物。养成餐前便后洗手的习惯。