支气管镜检查有适应证和禁忌症，适用于支气管疾病的检查，患者出现不明原因的胸腔积水时，使用支气管镜检查是比较好的，但是支气管镜检查也有禁忌，一些有心血管疾病的患者，是不能进行支气管镜检查的，还有一些出现严重气胸、有严重感染性疾病的患者，都不适合进行支气管镜的检查，除此以外，腹主动脉瘤严重的情况下，也不适合支气管镜检查。
如果考虑有患了肺癌的病情还没有确诊时，也可先做支气管镜来检查的好。但有时因为癌症的位置不好，气管镜检查不出来时，这时在考虑做穿刺活检的，首先也是需要先检查确诊病情后在进行对症治疗会好些。
对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的。支气管镜主要应用于明确肺部肿块性质。寻找可以和阳性痰细胞的起源。对于顽固性咳嗽可以做纤维支气管镜检查明确病因。辅助诊断不明原因的喘鸣。诊断咯血及痰中带血病可进行镜下局部治疗。
支气管镜是现在经常用于检查支气管以及气管病变的一种十分常用的方法，在做这种检查的时候，可能会稍微感觉到有一些痛苦，但是一般都在承受范围之内。除了疼痛没有危害。
如果是肺炎或肺结核病人，它本身就有发烧症状，做过气管镜以后出现发烧也是正常现象，需要对症治疗，支气管镜检查后，容易诱发内生性致热原的释放，病人也会出现发烧症状，病人如果是低烧，可以多喝一些温开水加快新陈代谢，也可以适当服用解热镇痛的药物，一般很快恢复正常。
如果能明确诊断病因，就不需要进行支气管镜的检查，如果不能明确具体的诊断，有必要进行支气管镜的检查，排除一些其它的问题，排除一些支气管内膜结核、支气管肿瘤的可能性，要结合实际情况来进行分析。