在临床上，皮脂腺囊肿的治疗一般是进行手术切除，手术切除的时候要注意要把皮脂腺囊肿的囊壁切除干净，以免造成皮脂腺囊肿术后的复发。另外切除皮脂腺囊肿的时候，最好不要将皮脂腺囊肿弄破，以免影响切口的愈合，造成切口感染；如果患者的皮脂腺囊肿位于头面部以及身体裸露部位，要注意切口尽量地要小，注意患者切口的美观。皮脂腺囊肿属于人体的良性病变，一般预后良好。
一般皮脂腺囊肿不能自行消除。
皮脂腺囊肿不是因为皮脂腺的分泌管堵塞，导致其上皮中的物质不断增加而产生造成的。皮脂腺囊肿可以持续数年而不会出现明显的临床表现，但是也会出现感染、破溃、复发等情况。囊肿壁有分泌作用，可产生内含物质，若不彻底清除，则容易发生反复；当囊腔的内膜腔破溃，里面的物质流出时，很容易引起炎症。皮脂腺囊肿可以通过一些特殊的方法进行彻底的清除或者是彻底的摧毁。
通常情况下，皮脂腺异位一般不需要治疗。
一般皮脂腺异位对身体健康没有影响，成年后还有可能自然消退。个别症状比较明显的患者，可以考虑做冷冻或者是激光治疗，外用药物不能治疗皮脂腺异位。
皮脂腺异位最基本的病变是唇部和口腔黏膜的皮脂腺发育的生理变性，会有增生性的改变，一般青春期前后发病，以后会渐渐增多，到成年后不会再发展。皮脂腺异位的具体发病原因不明，可能与青春期发育内分泌刺激、创伤等有关。
皮脂腺异位是指皮脂腺发育产生生理变异，目前具体病因不明，可能与青春期雄激素刺激有关。
发病率随年龄增长而增加，好发于成年男性，一般发生在唇部、口腔，也会发生在外生殖器粘膜上。症状通常为帽针头大小淡黄色或淡白色丘疹，会分散排列，也可能聚集形成斑块状或条索状，一般没有自觉的症状。通常不需要治疗，如果治疗可以选择电烧治疗或液氮冷冻治疗。
通常情况下，皮脂腺囊肿不能自愈。具体情况分析如下：
皮脂腺囊肿很容易继发感染和恶变，少数患者会发生恶变，恶变的几率为1.5%，所以要积极的进行手术切除。患上皮脂腺囊肿后，通常不能自愈，建议患者积极的进行手术切除，术中注意皮脂腺开口沿阻塞处扩大，切成梭形切口，小心分离囊肿，避免再次感染。如果囊肿感染、化脓时，应切开排脓，给予抗生素治疗。