因为囊肿有些大，药物治疗的效果可能会不好，手术的话可以选择微创手术如腹腔镜。如果不及时手术治疗有囊肿扭转的危险，这样会影响卵巢的功能，还有可能会导致不孕，综合来说做个微创手术比较放心。
巧克力囊肿会带来头晕，巧克力囊肿可以不手术，治疗方法有好几种：保守治疗。保守治疗指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿缩小。绝经期间，痛经等症状可以完全消失。
巧克力囊肿手术后头晕、呕吐，可能是术后恢复不好，头晕可能是贫血症状，多补补，注意身体，毕竟手术创伤大。多吃一些营养均衡的食物，多吃水果蔬菜，适当进行功能锻炼，增强免疫力。
可以采用手术的治疗方法，对于散在的比较小的宫颈腺囊肿一般不需治疗，只要每年检查即可。对于密集的较小的纳氏囊肿或比较大的囊肿，可考虑光疗、激光、微波、自凝刀等物理治疗。对于较大的突出于宫颈表面的，可考虑电刀切除治疗。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。