主要病因有：母亲怀孕早期感染流感病毒、风疹病毒；遗传因素；怀孕期间服用镇静药、抗癫痫药、激素类药或大量接受X线照射等。主要表现为出生后上唇和上颚裂开成两瓣或三瓣，唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。
唇腭裂的治疗主要是通过整形来恢复口腔内的结构以及面部的畸形。但是选择什么样的手术方式以及手术时间还需要根据唇腭裂的轻重程度来考虑。最终的治疗目的是改善腭裂，恢复软腭的生理功能。术后还需要进行语言的训练来形成正确的发音。长大一些还需要到口腔科进行牙齿的矫正治疗。
腭裂是最常见的先天性畸形，也是先天性畸形的治疗效果比较好的。如果发现早期手术修复和治疗能像正常人一样大大改善容貌，语言和发音功能明显改善，并能像正常人一样学习、生活和工作。治疗的比较好的时间是在学会说话之前。
可用以下方法治疗。对症治疗：对5至10岁的腭裂患者，实施在腭裂整复的同期行华西咽后壁增高术，以助腭咽闭合率的提高。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。动脉岛腭瓣手术治疗：大多选择在患儿3-6岁之前进行治疗。唇裂修复手术治疗：一般单侧唇裂修复手术在患儿3-6个月进行，而双侧唇裂手术多在6-12个月左右进行。
村子里有一个刚出生的孩子患有唇腭裂。这是一种原因不明的先天性疾病。国家有免费的治疗方案，请让孩子的家人去当地民政局咨询，民政救援人员会给他详细说明治疗所需的时间和程序，以便能够提供免费的援助。
可用如下方法。改良兰氏手术治疗：在松弛切口内扪出钩突，用凿将钩截断，使在钩突上面滑行腭帆张肌失去紧张软腭的能力；之后用一弯剪自裂隙切口插直硬腭后缘，使软硬腭分离；最后将两个粘骨膜瓣，分三层仔细缝合。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。