囊肿性痤疮可以通过外用药物治疗，也可以口服药物治疗。
如果症状不是特别的严重，通常可以外用维a酸制剂涂抹也可以使用抗生素软膏涂抹，比如夫西地酸乳膏。如果有感染的情况，也可以服用消炎的药物进行治疗，比如红霉素或者是罗红霉素等，能够预防感染。
在治疗期间要减少吃一些辛辣刺激性的食物，要养成良好的作息时间。
治疗囊肿性痤疮要口服抗生素类药物，维酸类药物，如果伴随脓液，要手术切开，排出脓液，配合消炎处理，情节严重，要进行糖皮质激素局部注射，使脓肿消退。如果是细菌感染引起的脓疮，不要吃辛辣刺激性食物。
囊性坐疮通常用消炎药治疗，因为坐疮属于慢性炎症性皮肤病，是由经常熬夜、内分泌紊乱或日常生活不规律、细菌感染等原因引起的，必须在指导下使用。平时不要用手捏，以免留下疤痕，轻食，多喝水，不要熬夜。
外涂药膏，保持脸部及全身的清洁。使用适合自己肤质的清洁剂洗脸。洗脸时，轻轻按摩患处，以利毛孔畅通。注意饮食，多吃蔬菜，水果，少吃油炸，高热量及辛辣食物。平时应该多注意运动调节内分泌。
由于痤疮的发病是多种因素导致的，囊肿性痤疮属于重度痤疮，需要系统性治疗才容易使药物进入毛囊，效果要好于外用药治疗，光动力在治疗囊肿性的痤疮中的作用越来越重要。光动力治疗重度痤疮，具有疗程较短，效果明确，耐受性好等优点，因此已成为治疗中重度痤疮。
如果患者出现囊肿性痤疮，一般情况下可以使用一些抗菌消炎的药膏，如过氧苯甲酰凝胶、克林霉素凝胶等。同时也可以使用鱼石脂软膏或龙珠软膏局部外涂，对囊肿性痤疮有一定的消退作用。
囊肿性痤疮属于炎症比较深的痤疮类型，有时候单靠外用药物可能效果有限，应该配合内服药物治疗能取得较好的效果。可以内服异维A酸、米诺环素等药物来促进局部囊肿内容物的吸收，减少油脂分泌。
