扁桃体结石可以直接张开嘴，打手电筒就能够看到，也可以去医院检查，明确有扁桃体结石，并且伴有异物感、嗓子疼痛不适，需要进行清理，将隐藏在扁桃体隐窝的结石，使用镊子夹取，但是很难能够彻底清理干净。
对于小的扁桃体结石在平时多吃清淡饮食，在饭前、饭后一定要漱口，如果症状不是很明显，就可以饮食注意，注意漱口。如果结石反复引起周围炎症，此时可以考虑用消炎药物局部治疗。如果出现的结石不能通过普通漱口取出，可以用钳子将其取出。如果是比较大的结石，可以考虑在表面麻醉下切开黏膜将结石取出。如果反复出现结石不能完全消除，只能进行扁桃体切除手术。
清理扁桃体结石的方法可以通过漱口，或者通过镊子将扁桃体结石夹出来。大的扁桃体结石，夹不出来，就需要到耳鼻咽喉科门诊去取出来。需要注意口腔卫生，饭后多注意漱口，可以进一步预防扁桃体结石的，扁桃体结石还会经常出现。
扁桃体结石主要见于慢性扁桃体炎，部位一般位于扁桃体隐窝，检查可见扁桃，体隐窝内白色颗粒状物质，有的只有一个，有的有好几个。有些扁桃体结石不用处理，是可以自己掉出来的，平时可以多用盐水漱口。若是扁桃体结石引起不适的感觉，通过盐水漱口等方法不能掉出来的，可以到医院让医生用镊子夹出来，然后多用盐水漱口即可。
扁桃体结石是可以根治的。扁桃体结石在临床上的发病率报道不一。通常多发生于扁桃体隐窝口或者是扁桃体实质内。是扁桃体表面的隐窝口发生堵塞，致使坏死细菌、脱落上皮细胞以及食物残渣逐渐堆积，慢慢随着钙盐沉淀机化，最终形成了扁桃体结石。对于隐窝口处的扁桃体结石，可以通过反复的清理去除。如果要求根治，那只有考虑同时切除扁桃体才可以。