任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
抗生素可用于治疗早期肛周脓肿，可选择药物温水浴和局部物理疗法促进炎症消退。为避免便秘，每次排便后应及时用温水清洗肛门，以保持肛门周围清洁。避免辛辣食物和饮酒。注意休息，不要感冒。
肛周脓肿是发生于肛门、肛管和直肠周围的急性感染性疾病是一种细菌感染，容易发展为肛瘘的。发病率约为2%，占肛肠疾病的8%～25%。多见于20～40岁的男性，男性发病率是女性的3～4倍，小儿发病率也相对较高。早期如果积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得治辽。也有一些存在反复发作可能。极少数因感染过重，有严重后果的可能性。
抗生素可用于治疗早期肛周脓肿，可选择药物温水浴和局部物理疗法促进炎症消退。为避免便秘，每次排便后应及时用温水清洗肛门，以保持肛门周围清洁。避免辛辣食物和饮酒。注意休息，不要感冒。
肛周脓肿不要饮酒，尤其是在急性期，因为酒精这种食物容易导致局部血液循环加快，并且不利于创面的愈合。另外，肛周脓肿的病人在手术治疗期间都需要静脉的抗感染治疗，最常用的就是消炎类的药物，这种药物和酒精容易发生过敏反应，诱发出现双硫仑样的反应，严重的情况下是有生命危险的。
肛周脓肿手术以后的恢复需要一个过程，具体的恢复时间的长短应与脓肿的大小以及手术的方式有关。肛周脓肿手术半个月左右才可以适当的运动。平时要每天用清水清洗肛门，温水坐浴。还可以外涂点消炎止痛的药膏进行治疗，多喝水，多吃点蔬菜水果，多吃易消化的食物，不食辛辣以及有刺激性的食物。