三个月宝宝吃纯母乳拉肚子需要观察排便形状来判断，如果大便成形度比较好，可以暂时不用处理，如果不成型，可以口服一些药物治疗。平时要注意宝宝腹部的保暖，要控制宝宝饮食的频率和卫生。
宝宝吃母乳出现拉肚子，即母乳性腹泻，原因在于母乳，而影响母乳的因素主要在于妈妈的饮食结构。当宝宝吃母乳腹泻时，妈妈调整饮食时关键，要求以清淡、容易消化的食物为主。回避油腻、辛辣及寒凉性食物。如果宝宝大便有粘液脓血等情况，需要做便常规检查。
三个月婴儿拉稀首先考虑是感染肠炎了，是一种消化功能紊乱的综合征，给孩子喝一些调节孩子肠道的菌群，同时也要给孩子多喝水，保证孩子体内充足的水分，避免孩子造成脱水的现象，注意孩子的保暖，避免孩子受凉加重病情，也要注意让孩子在饮食上做到少量多餐，避免孩子消化不良引起高烧，注意室内温度和湿度的适宜，充分保证宝宝的休息。
一般情况下，宝妈拉肚子能不能给宝宝喂母乳，需要根据引起腹泻的具体原因而定。具体情况如下：
1、如果是由于腹部受凉，饮食不规律或者进食生冷油腻，辛辣等刺激性食物所造成的非感染性腹泻，是可以进行母乳喂养的，一般对婴儿的影响不大。
2、如果是由于不洁饮食所造成的感染性腹泻，并且合并发热或者应用氨基糖甙类、喹诺酮类抗菌药物治疗，应当暂时停止哺乳。
如婴儿腹泻，并非由于母乳喂养，可以吃。如果宝宝拉痢，也不是母乳造成的是不能进行母乳喂养的。
如婴儿腹泻是母乳所致，则不能哺乳。因为宝宝在出生后不久会出现呕吐和腹胀症状，而这种情况往往预示着宝宝已经发生了胃肠道炎症或者其他胃肠方面的问题。若母亲因进食生冷油腻或是刺激性食物，感冒受风或者在生病的状态下，使得奶水品质变差，很可能会引起宝宝消化不良、拉肚子，肠易激综合征等。
幼儿的身体器官发育不完善，消化系统和免疫系统都还不健全，很容易受到细菌或者病毒的感染，从而引起拉肚子的现象。如果拉肚子不止，应考虑进行药物治疗，如果有脱水症状，还需及时的注射生理盐水来补充体内水分平衡。如果拉肚子不严重，可不使用药物治疗。要注意宝宝腹部的保暖，可以用热毛巾捂住宝宝的肚子，要控制宝宝饮食的频率，注意宝宝的卫生情况，经常给宝宝擦拭手和脸部。