药流孕囊排出后肚子疼可能是正常现象，当患者使用药物流产后，此时孕囊排出就会出现生理性的腹痛。主要是子宫黏膜脱落，子宫内膜受损，阴道出血。建议患者出现这种情况可以通过喝水热，注意保暖，配合服用新生化胶囊、益母草颗粒，调节体内激素水平。如果上述方法无效，患者疼痛时间较长，建议立即去医院进行B超检查。如果B超检查没有出现宫腔残留物或者继发细菌感染，不需要担心和采取其他干预措施。
当孕囊排出后，3-5天腹部疼痛是由于宫缩引起的，如果长时间的出现腹痛可能和流产不全，宫腔感染，一共穿孔，宫腔积血有关。如果出现长时间的腹痛要到医院明确疼痛原因，及时处理，以免发生严重的并发。
药物流产时，如果将孕囊排出后出现腹痛，多是由于子宫收缩而引起的。药物流产在服用过米索前列醇之后会出现剧烈的子宫收缩，随着孕囊完整的排出，宫缩会比原来减轻许多，腹痛的症状也会有所减轻，但是会出现比较多的阴道流血以及蜕膜组织等。
药流通常指药物流产。一般情况下，进行药物流产孕囊可能会在3小时-3天内排出来，具体内容如下：
如果女性选择进行药物流产，通常会在服用米非司酮片和米索前列醇片后排出体内孕囊，以终止妊娠。但是，由于女性存在个体差异，孕囊排出的时间并没有固定的标准，通常是在3小时-3天的范围内。在药物流产后，女性应进行复查，明确宫内是否存在残留的妊娠组织，必要时，女性需要行清宫手术进行治疗。
药流孕囊没有排出，可能会出现出血量较少、早孕反应等症状。
药流孕囊没有排出，所以患者出血量较小，并且还会持续出现恶心、呕吐、食欲不振、厌油腻、腹痛等早孕反应，情绪波动也较大，表情淡漠或急躁易怒，建议患者立即就医。否则如果孕囊在宫腔内停留时间过长，可能会引发宫腔感染，出现发热、腹痛等症状，对患者身体伤害较大。如果确定孕囊未排除，建议患者行清宫治疗，并于两周后复查妇科彩超，观察子宫的恢复情况。
药流后六个小时之内应该会流出来的，要注意是否有残留的可能。要去医院做清宫手术了。否则时间久了很容易引起大出血，会影响到身体恢复，而且药流后流血时间也比较长，天数过多的不要做药物流产的。