扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝引流不通畅，导致内部存留的干酪样腐败物，一般会从口腔内咳出，呈淡黄色或白色，会伴随有异味。引起这类疾病的主要原因，会和反复发作的扁桃体炎或者不注意口腔卫生，食物残留于扁桃体隐窝内导致。
在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。
可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
扁桃体结石不能自愈。扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的症状下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大。
如果是小结石可用刮匙或镊子取出，个别的可用负压吸引取出。如果是大结石在表面麻醉下切开粘膜取出，但需要防止坠入呼吸道，或者用敷贴将药物直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒、消肿散结的目的。
扁桃体结石是可以根治的。扁桃体结石在临床上的发病率报道不一。通常多发生于扁桃体隐窝口或者是扁桃体实质内。是扁桃体表面的隐窝口发生堵塞，致使坏死细菌、脱落上皮细胞以及食物残渣逐渐堆积，慢慢随着钙盐沉淀机化，最终形成了扁桃体结石。对于隐窝口处的扁桃体结石，可以通过反复的清理去除。如果要求根治，那只有考虑同时切除扁桃体才可以。