可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
平时应该注意漱口，尤其是饭前、饭后，在咽腔壁多使用漱口水漱口，有一些小结石可以清理出来。如果结石比较顽固，也可以考虑用筷子或者小汤匙，将扁桃体结石剜出。如果反复出现炎症刺激，还可以去耳鼻喉科进行局部麻醉，将扁桃体周边结石一起切除。
如果结石比较少，也比较小，有咽部异物不适感，或常有气味臭的颗粒样物咳出，可到耳鼻咽喉科，让专业医生取出。如果扁桃体结石比较大，并经常性出现，或由于扁桃体结石存在，引起慢性扁桃体炎反复急性发作，需要行扁桃体切除手术治疗。
小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。
需要借助外界来摘除结石，比如咸水漱口、压水喷雾来冲洗、钳子取出等。必要时进行手术摘除，扁桃腺结石通常会有口腔异味，表现为恶臭，而且会有小颗粒状的物质咳出。