前列腺穿刺通常没什么危害，前列腺穿刺通常只需要局部麻醉。有两种穿刺方法。会阴穿刺和直肠穿刺，两种方法基本上都没有风险。最大的风险可能是术后感染，但是如果在手术后好好护理，就不会被感染。穿刺后多饮水。
前列腺穿刺取病理是诊断前列腺癌的一个最为准确的方法，穿刺过程中会有一些疼痛感，但对于大部分人来讲都是可以承受的。现在穿刺都采用了一次性的穿刺针并配有穿刺枪，使用穿刺枪后穿刺针速度很快，在瞬间即完成穿刺取病理的过程，所以患者疼痛感很轻。
目前一般是10-12针的穿刺方案，即将前列腺均匀分区后在每个区域均获取组织，在肛门指检或影像学检查的可疑部位再增加1-2针，以确切获得全部前列腺的信息。前列腺穿刺针数的多少是根据病情和整体情况进行评估的，穿刺的针数越多，活检阳性的几率越大。
大多数人在前列腺穿刺不会出现明显的不适。穿刺针非常细，对前列腺的损伤非常小。穿刺主要经过直肠，被检查者会出现肛门不适。在到达前列腺时会感到疼痛，但穿刺速度都很快，能够耐受。做穿刺前会使用局麻药物进行麻醉，还会对直肠进行浸润性麻醉，因此造成的不适感非常小。
前列腺穿刺后，如果是经会阴区，对饮食没有任何的禁忌和要求，如果是经直肠，建议禁食8-10个小时，具体分析如下：
经会阴区的皮肤穿刺不需要通过肠道，也不会影响到肠道，也不会受到任何的影响，正常饮食即可。如果是经直肠穿刺，建议禁食8-10个小时，因为直肠穿刺会对直肠壁造成损害，如果过早进食会导致肠道内容物污染局部创面，导致感染。8-10个小时后可以喝水，可以吃面汤、稀饭、米汤等稀流质食物，24小时后可以换成半软的食物，如蛋糕、牛奶、面包等。
前列腺穿刺活检是为取得前列腺的组织标本做病理检查，了解前列腺内是否存在恶性肿瘤，经会阴区的穿刺也可在B超引导或CT引导下，由会阴区进行前列腺穿刺，不能进行多针穿刺，有损伤尿道的风险。