可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
主要是咽部的异物感，经常病人会咽部有异物，咽部不适、咽干，少数病人还有口臭、咽部疼痛等。病人在张口的时候，能观察到扁桃体上有白点，经常病人会感觉非常不舒服，少数病人有口臭。
扁桃体结石可以直接张开嘴，打手电筒就能够看到，也可以去医院检查，明确有扁桃体结石，并且伴有异物感、嗓子疼痛不适，需要进行清理，将隐藏在扁桃体隐窝的结石，使用镊子夹取，但是很难能够彻底清理干净。
在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。如果不注意刷牙漱口，不注意清理的情况下，容易得扁桃体结石。
清理扁桃体结石的方法可以通过漱口，或者通过镊子将扁桃体结石夹出来。大的扁桃体结石，夹不出来，就需要到耳鼻咽喉科门诊去取出来。需要注意口腔卫生，饭后多注意漱口，可以进一步预防扁桃体结石的，扁桃体结石还会经常出现。
扁桃体结石的形成，每个人的情况不一样，时间也是有所差别的。这是因为个人不注意口腔卫生，饭后没有及时漱口，导致食物残渣和一些垃圾长期残留在扁桃体隐窝下而形成的，可能是几个月，或者是几年。扁桃体结石一旦形成是很难彻底清理干净的，而且有可能导致慢性扁桃体炎的发生，这时就要结合一些药物进行治疗，或者是考虑手术切除扁桃体。