首先，替代治疗是服用哌甲酯，即左甲状腺激素片。
对于甲状腺功能低下症状快的孩子，有必要确定甲状腺功能低下的原因。例如，部分是甲状腺自身发育异常引起的，其余是甲状腺功能发育不全引起的，如果自身没有甲状腺，需要终身进行甲状腺激素替代治疗。另外，甲状腺异常症的儿童，症状出现比较晚，需要进行核素扫描。具体用药请结合临床，以医生指导为准。
先天性甲状腺低下婴儿是先天性甲状腺功能减退儿童期最常见的智力疾病。
这种状况早期无明显表现，一般出现症状不可逆，又称白痴小症。该病晚发，严重影响儿童智力发育，发现该病矮小，导致智力低下。医学认为，2个月内发现及时治疗，终身服药，智能基本正常。10个月以上，发现治疗智商只能达到正常的80%，大于2岁，智力不可逆转落后，先天性甲低发病率约为五千分之一。先天性甲状腺功能低下，临床症状为智力低下，生长发育迟缓，以及基本代谢低下。确诊指标需检测血清、促甲状腺素、游离三碘甲状腺原氨酸、游离细胞因子浓度、超声检查、骨龄测定、甲状腺同位素扫描，可作为辅助手段。
一般情况下，婴儿脑瘫可能是先天的，也可能是后天的。
脑瘫是胎儿在母体时期和出生后一个月，因为多种原因引起的非进行性脑损伤，一般以运动功能和姿势障碍为主要表现的一组综合征。如果婴儿脑瘫是发生在出生之前，一般是胎儿在母体内，大脑发育异常造成的，属于先天性疾病。如果发生于分娩过程中或者小儿出生后黄疸所致，就属于后天性疾病，建议及时治疗。
一般情况下，婴儿甲状腺炎，可能是宝宝自身免疫系统功能异常、细菌感染等因素引起的，如果化经过检查，医生判断婴儿甲状腺炎的病情比较轻，婴儿未出现不适，通常不用进行特殊治疗，家长应注意婴儿的清洁卫生以及饮食，并定期带婴儿去医院复查。如果婴儿甲状腺炎的病情比严较重，且身体出现明显不适，家长可以遵医嘱给婴儿甲状腺素片或者左甲状腺素片等药物进行治疗。
先天性甲状腺功能低下症状通常是进食少、喂养困难、便秘等。
先天性甲状腺功能低是由先天性因素造成的甲状腺功能异常，大概超过95%的婴儿在出生时并没有明显的征兆。但是，部分婴儿发病后会有动作比较迟钝、容易打瞌睡的表现，需要叫醒以喂养婴儿，婴儿还可能会发出沙哑的叫声。此外，婴儿多有食欲不佳、吃得少、喂食困难、便秘、体温较低等表现，可能出现体长偏短、皮肤干燥、舌头大、脐疝、囟门大、面部浮肿等症状。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减或CH，是一种儿童时期的常见智残性疾病。前期往往不明显，如一旦发病，这是一种不可逆转的伤害，也叫呆小症，这种病一旦被人发现较晚，对于孩子的智力发育有极大的作用。在诊断甲状腺结节之前，应该先明确疾病性质和范围，再根据不同情况选择相应的方式进行处理。先天性甲减可使儿童身材矮小、智力低，医学普遍认为，如两个月后发现、早期治疗、终生用药，智力基本没有受到损害。若在10个月份被发现，此时处理，智商仅能达到80%的正常值。有很多人都有过类似的经历，就是孩子出生后，父母并无任何异常感觉或反应，但是随着年龄增长，这种现象逐渐加重，直到最后完全丧失生活自理能力为止。若是在两岁时被发现智力落后，它是一种不可逆转的破坏，此时处理亦无显著疗效。
