巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，小的巧克力囊肿一般对身体没有什么影响，巧克力囊肿比较大容易造成卵巢、子宫病变，导致痛经，甚至引起不孕等。所以如果巧克力囊肿大于五厘米需要及时手术治疗，预防破裂或者扭转的情况。
巧克力囊肿会引起子宫内膜增厚的，内膜病在卵巢激素的周期性刺激下，会发生增殖，分泌以及行经等一系列变化，而所产生的经血却没有一个排泄的出路，聚集起来成为大小不同的结节。这类结节的好发部位为卵巢，形成卵巢巧克力囊肿。
巧克力囊肿比较大，破裂，或有不舒服的症状，需要手术治疗。手术方法有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜手术。建议情遵照医嘱治疗，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免受凉，避免熬夜，定期复查。
导致水肿。卵巢囊肿病患除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。危害，发生癌变。卵巢囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给病患带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。
巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
像这种症状。巧克力囊肿一般分为两种类型，即腹腔巧克力囊肿和卵巢巧克力囊肿，通常以卵巢巧克力囊肿病人居多。对于巧克力囊肿女性病人来说，如果想要尽早的痊愈，就需要选择手术的方法进行治疗。而由于巧克力囊肿病人的病情状况不同，所以其对应的手术危险性也就不同。