其原因一般考虑为慢性咽炎引起的。慢性咽炎往往是由于急性咽炎治疗不彻底引起的。表现在起床后出现咽部不适，咳嗽无痰或少痰。建议平时注意清淡饮食，忌辛辣油炸刺激性食物，戒烟戒酒。防寒保暖，避免感冒。
一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
无论成人还是小儿都容易在夜间尤其是凌晨前后咳嗽，这和晚上外界温度降低，体温也随之出现波动，呼吸道受到冷空气刺激等因素有关。此外中医理论认为，疾病多在夜间加重，这与人体夜间正气内敛，外界邪气较盛有关。
宝宝每天凌晨都会咳嗽是因为变异型哮喘导致的。在凌晨3点到5点迷走神经很容易发生兴奋现象，导致支气管平滑肌发生痉挛，从而引发咳嗽的出现，是由于存在气道高反应性所致，也就是气道高反应所致的咳嗽变异性的哮喘。
宝宝夜间出现咳嗽症状。要考虑身体有病原体感染引起的。常见于病毒，细菌，支原体等。宝宝的情况考虑是由于急性支气管炎引起的咳嗽，现在痰液比较多，宝宝又比较小，如果服用化痰止咳药物效果不好的话可以采取雾化帮助治疗。同时注意多喝水，清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物。
是由于受凉感冒引起的对冷空气敏感咳嗽，可以配合按摩，能很好的防治咳嗽，不断的捶打宝宝的后背，多喝水、多休息，宝宝很快会好的。如果这些方法不行，就要吃止咳药了。