尖锐湿疣一般治疗上如果有明显的疣体，必须进行激光或冷冻等的治疗。冷冻时会进行局部麻醉，所以不会导致疼痛的出现，但注意治疗后局部使用药物，预防感染，治疗后进行口服抗病毒药物及外用抗病毒药物的治疗。
如果尖锐湿疣不是继发性的，细菌感染是无痛的，没有明显的感觉。疼痛的尖锐湿疣只有在有摩擦时才能感觉到。典型的表现是花菜状的植物成簇排列。诊断尖锐湿疣可以用激光治疗。
尖锐湿疣初发时，大都为微小淡红色小丘疹，皮疹逐渐增大或增多，互相融合和重叠，呈凹凸不平的乳头状。本病常无自觉症状，部分病人可出现异物感、痛、痒感或性交痛，所以早期的尖锐湿疣不是每一个人都会出现疼痛的感觉，表现因人而异。
尖锐湿疣激光不疼，也可以做冷冻治疗，激光治疗是不会有疼痛的感觉。局部红肿疼痛更加明显，少数人可有发热等全身不适。激光治疗过深愈后可留下瘢痕。因此，对有瘢痕体质者应避免用激光术过深治疗。去医院检查一下这种病毒的数量，也可以通过口服药物来治疗。
尖锐湿疣疼可以通过激光冰冻腐蚀性的药水去治疗，然后再配合提高免疫的一些药物功能，相对来说就可以控制避免复发疼痛选择止痛的药物，非甾体抗炎药。在平时的日常生活中也要注意好个人的卫生习惯，勤换内裤。
阴茎疼不是尖锐湿疣，考虑是淋病，不一定是尖锐湿疣，这个时候需要去正规的医院做一些相关的检查以后，让大夫看病人的病情和病因做适合病人的治疗方式及时治疗。还要注意不要吃辛辣刺激的食物。