先天性虹膜缺损，属于眼科疑难杂症，目前没有特效疗法治疗，它会影响视力，严重会导致失明症状。主要让孩子从小认识自己的缺陷，多培养自己的长处，心态保持积极乐观，面对学会释放负面情绪，多补充营养，改善体质，保持身心健康即可。
不是先天性性无精症一般都是可以治疗的，比如梗阻性无精子症如果是附睾部位的梗阻，可以通过输精管-附睾显微吻合手术进行治疗；对于非梗阻性无精症，目前有睾丸显微取精手术，可以从部分病人的睾丸里面取到非常少量的精子，冻存以后再结合试管婴儿的技术，生育自己的后代。
通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
先天性脊膜膨出症一般需要通过外科手术进行治疗。
对于先天性脊膜膨出症，一般都是通过显微神经外科手术来进行治疗的。手术中需将突出的硬脊膜囊取出，松开与神经根之间的粘连，并将其缝合起来，以使椎管保持正常的解剖学结构，避免其进一步恶化。一般认为，在患儿出生后，在病情允许的前提下，应尽快采取手术，避免患儿的神经损伤进一步恶化，严重时可危及患儿的生命。如果脊膜囊肿得不到及时有效的治疗，尤其是伴有脊髓囊肿的患者，儿童在1-2年内的死亡率是很高的，因此应引起充分重视。
在确诊后，家长应保持良好的心态，不要过度焦虑、自责，要积极接受治疗。
小儿疝气是先天性的，它是因为先天性的解剖结构鞘状突在出生以后没有闭塞，在腹股沟区遗留一个通道。
在腹压增加的诱发因素下，腹腔内、盆腔内的脏器比如说肠管、卵巢、子宫等通过这个通道由腹腔或者盆腔下降到腹股沟区或者阴囊内，形成一个质软的、可回纳的包块。小儿疝气往往不能自行愈合。保守治疗没有明显的效果，需要手术治疗。
先天性成骨不全症可以通过非手术治疗和手术治疗方法。
患者可以口服氟化物、维生素D、降钙素、性激素等药物进行治疗，同时还应注意对合并有骨折的病人进行固定。全膝关节置换术、髓内针固定术、截骨术等均可采用外科技术，并在术中采用石膏固定，直到完全恢复。目前，使用交锁式髓内针固定装置能较好地矫正骨折，且术后较难出现骨折不愈合。
