通常是青春期甲状腺激素分泌不足引起的。甲状腺激素分泌不足，促使促甲状腺激素分泌增多而使甲状腺细胞增生，发生增厚的情况。有的患者也可能是饮食中长期缺乏碘元素而引起的。
病因并没有十分的一种明确。可以每到3-6个月来进行一个彩超的复查，如果这种囊肿有明显的增大，或者是有压迫症状，要考虑手术的一种治疗方式。这样才能使其恢复到一个正常的状态。
关于甲状腺功能减退，目前临床常见原因如下：
1、甲状腺慢性炎症：通常指慢性淋巴细胞性甲状腺炎，即桥本氏病，引起甲状腺慢性障碍，最终引起甲状腺功能减退
2、甲状腺损伤：甲状腺照射，尤其是小时候甲状腺放射性治疗或直线加速器治疗可引起甲状腺损伤，引起甲状腺功能减退；
3、甲状腺术后：如甲状腺肿大、甲状腺炎、甲状腺功能亢进、甲状腺结节、腺瘤等疾病治疗手术后，可导致甲状腺功能减退。
甲状腺囊肿病因如下：
1、本病多由肝郁火伏、肝炎增高、情志内伤、肝气郁结引起。其发病机制与经、孕、产、奶等生理功能失调和体质因素等有一定关系，体内阴阳平气、气滞痰凝，堵颈前功能放弃基本病变，久而久之，引起血脉淤血，气、痰、瘀三者相结合本病初有许多果实，久则实至虚，或虚实相杂。
2、由于机体摄入碘减少，导致血甲状腺激素浓度降低，通过神经-体液调节途径垂体前叶分泌大量促甲状腺激素，促使甲状腺肿大。这种肿大实际上是甲状腺代偿性肿大，是甲状腺功能不足的现象。
甲状腺疾病不同，病因不同，先天性甲状腺发育异常、甲状腺手术破坏或自身免疫损伤可导致甲减。甲状腺功能亢进无论是自身免疫性的弥漫性甲状腺肿，还是多结节性甲状腺肿都会出现甲状腺功能亢进症，甲状腺肿也会引起甲状腺功能亢进症。
甲状腺癌是由各种甲状腺疾病通过遗传或环境因素的共同作用引起的。甲状腺结节不仅仅是疾病的诊断，它只是临床症状。地方性甲状腺肿是饮食中碘摄入不足引起的，各种甲状腺炎症是病毒感染和自身免疫性的原因。甲状腺疾病的病因非常复杂，需要找出病因进行相应的治疗。
甲状腺结节常见的病因主要是碘缺乏，甲状腺退行性变、炎症（急性化脓性甲状腺炎，桥本氏病）、自身免疫以及新生物（良性或恶性）等甲状腺疾病，均可导致甲状腺结节的发生。
