下丘脑综合征可以通过保守治疗、手术治疗等方式进行治疗。
下丘脑综合征是由于各种原因影响下丘脑而引起的一种疾病，可由于先天遗传及后天型的影响，器质性或功能性以及其他各种原因诱发。患者常伴有不同程度的意识丧失。以对因治疗为主。在全身麻醉下或全麻下行外科手术。如肿瘤，可用手术切除或放射治疗，对于炎症选择合适抗生素，控制感染，若为药物所致者，然后立即停药，精神因素所致的患者，需给予精神治疗。
下丘脑功能失调的症状有中枢性尿崩症，可出现机体水代谢紊乱。体温调节障碍，散热机制损伤，产热机制受到损伤，可表现出体温明显低于正常。摄食异常，有些可出现食欲亢进，有些则表现为缺乏食欲。睡眠障碍，可出现过度睡眠、嗜睡、发作性睡眠综合症，严重时可出现昏迷，还可表现为生殖与性功能障碍以及自主神经功能障碍。
下丘脑中有一些细胞不仅能传导兴奋，而且能分泌激素。这些激素的功能是促进垂体中激素的合成和分泌。例如，下丘脑分泌的促性腺激素释放激素，能够作用垂体合成和分泌促性腺激素。因此，下丘脑是机体调节内分泌活动的枢纽。
下丘脑垂体检查方法有可以抽血化验相应的激素如性激素，抗利尿激素等，主要是影像学检查如头颅CT、头颅MRI检查可以看到器质性病变，但是头颅MRI检查针对垂体MRI，一般下丘脑垂体MRI检查需要增强检查才能看清楚是否有器质性病变。另外下丘脑垂体病变有相应的临床表现如头痛，视野的变化，尿量变化等。
功能性下丘脑闭经的患者可以使用药物进行治疗。如果生育愿望比较强烈，可以通过促排卵治疗来促进怀孕。诱导排卵的药物有尿促性素、溴隐亭、氯米芬等。功能性下丘脑闭经是由于下丘脑功能障碍分泌促性腺激素释放激素减少，对没有生育要求的患者而言，如果没有症状是不需要进行治疗的。如果患者症状比较明显，可以通过补充外源性的雌激素和孕激素来治疗，常用药物有屈螺酮炔雌醇片屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)。
下丘脑垂体闭经就是指下丘脑分泌的促性腺激素释放激素减少，导致垂体分泌的促性腺激素减少，再作用于靶器官子宫及附件，出现闭经的症状。下丘脑垂体闭经应进一步查明病因，以便针对病因治疗。