巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，多有人流史或者剖宫产史，没有性生活的女性也有可能是经血逆流造成的。可引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。
可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。其中，卵巢巧克力囊肿又占80％左右。卵巢巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有50％以上的病人会累及双侧卵巢。随着病情的发展，病人可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。