一般来说，药流残留30mm不清宫，会引起炎症、宫腔粘连等。
如果身体吸收了这些残留的物质，会产生一些对患者的凝血功能不正常的物质。另外，如果体内的组织结构经过长时间的机化，要刮宫，不一定能刮掉，甚至需要进行电切，这样会增加手术的难度；如果它们还活着，在身体里不断的增殖，就会引发一种叫做营养细胞的恶性疾病。
第一胎做药物对于子宫内膜是有一定的伤害的，会出现恶心、呕吐、腹泻、腹痛、药流不全大出血或者阴道流血时间长、慢性盆腔炎、月经不调等危害，并且清理干净的可能性相对于人工流产来说要小一些，虽然相对于人工流产的伤害会小一些。
药物流产的危害，主要有以下两点：第一个是感染；第二个是药流不全需要清宫手术。第一个，即使是完全流产的情况下，药物流产阴道流血的时间也会比较长，阴道流血时间可以长达半个月或者二十天。这么长的流血时间，宫口是开放的前提下，会引起逆行感染，细菌从宫颈口进入到宫腔，然后感染盆腔，引起盆腔的炎症，会导致不可想象的后果。第二个，药流可能会导致流产不全的可能性。
清宫是个有创的操作，是用不锈钢器械进行刮宫，在这个过程中有可能会出现出血，感染，子宫穿孔甚至有些人因为牵拉宫颈，造成迷走神经兴奋，引起类人工流产反应综合征，出现心率减慢，呼吸心跳骤停。
药物流产主要的危害是孕囊排出不完全，导致出血，有大出血的风险。药物流产后，较早会出现流血情况，约2天-3天，子宫腔内的胚囊即可排出，此时阴道出血较多，子宫中的蜕膜组织往往在2周左右才能慢慢排出，随后出血停止。
骨质疏松和高血压。因为闭经的病人多半合并卵巢功能的早衰，会出现一系列卵巢功能下降的表现，比如色斑、肥胖；出现更年期，比如潮热、盗汗；另外由于闭经导致内分泌紊乱，甘油三酯和胆固醇、低密度脂蛋白升高，引起血脂代谢的异常，出现冠心病、高血压。