本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
一般患有附件巧克力卵巢囊肿的都会出现月经量增多、月经周期延长等症状，情况严重的甚至会导致贫血、脸色苍白等一系列不适。附件巧克力囊肿与内分泌失衡有关，而内分泌不调也会在极大程度上影响女性正常的卵巢功能，因此临床上上绝大多数附件巧克力囊肿都会伴随有不孕症的出现。
造成巧克力囊肿的原因是，房事过多：卵巢巧克力囊肿大多和体内雌激素分泌过高有关。内分泌因素：是造成卵巢巧克力囊肿的主要病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢巧克力囊肿多发于内分泌旺盛的生育年龄。
巧克力囊肿严重，造成女性月经不正常，出现月经不调的症状，还有些女性还会出现腹痛、性交痛等症状，都会给女性造成很大影响，因为巧克力囊肿引起囊肿的破裂，就会使得盆腔内积血，造成剧烈的腹痛。
巧克力囊肿是妇科当中比较常见的现象。巧克力囊肿会出现的危害，造成女性月经不正常：很多女性出现月经不调的症状，还有些女性还会出现腹痛、性交痛等症状，都会给女性造成很大影响，因为巧克力囊肿引起囊肿的破裂，就会使得盆腔内积血，造成剧烈的腹痛，造成弥漫性腹膜炎：因为女性不及时治疗导致囊肿破裂，小破口就可能和周围组织形成粘连，但是如果破口大，就可能使得巧克力样液流入腹腔，刺激周围的腹膜，造成弥漫性腹膜炎。
危害是导致不孕：巧克力囊肿一旦变大或者变性，就有可能使精子、卵子不能正常运行，从而影响生育，导致不孕的恶果。囊肿破裂，危及生命：巧克力囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给患者带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。