一般情况下，子宫内膜异位的处理方式如下：
1、妊娠分娩是最好的治疗手段，在怀孕和哺乳期间可以起到压制作用，防止内异症，压制病灶，使病灶萎缩、吸收；
2、如果患者无痛经、短期内无生育要求、盆腔B超无包块等症状，可以进行常规的随访，一般是半年或一年一次的妇科或B超；
3、对于疼痛明显、B超包块大、有生育需求但又不能怀孕的患者，应采取外科、探查、术后用药等措施。
子宫内膜异位最佳怀孕方法是手术治疗。
如果出现一个六七厘米以下的卵巢囊肿，可以考虑是自然妊娠半年，如果不成功，可以进行促排卵或者手术。术前要进行AMH检查，以了解卵巢的功能，如果卵巢功能正常，可以选择手术。为了防止术后出现的卵巢功能减退和排卵异常，可以在术前进行冰冻。术后要尽快进行促排卵，或者去专业的不孕专家进行体外受精。
子宫内膜异位症是由子宫内膜生长异常所致，子宫内膜通常在子宫腔内，如果生长在宫腔以外的地方并且有疼痛发生，就被称为子宫内膜异位症，子宫内膜会引起痛经，所以可以药物调理，要是严重还要手术治疗。
诊断子宫内膜异位症的最佳方法通常是就医，在医生的指导下进行检查。
B超，对子宫内膜、膀胱、直肠、膀胱等疾病进行确诊的一种主要检查手段；CT和MRI，可用于检查肛门静脉及阴道内深层病变，不能用于初步检查；血清ca125检查，严重子宫内膜异位伴有囊肿破裂、子宫腺肌病、慢性炎症的患者会出现ca125增高；腹腔镜，目前世界上对子宫内膜异位的最好的诊断手段。
建议采用中药治疗，中医认为子宫内膜异位症属“痛经”、“月经失调”、“症瘕”、“不孕”等范畴。本病的发生肾虚是本(性激素失调)，是为内因，故治上宜活血化瘀，益肾调本，调整机体的内环境，祛除产生该病的内因。
当子宫内膜异位出现增长或是病灶处感染的时候是最适合手术的时间，手术治疗，是切除内膜异位病灶，如果比较严重的情况下有可能是切除子宫、卵巢等，所以一定要及时治疗以免加重病情。
