卵巢囊肿的治疗方式与病患的年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及病患的主观愿望等因素都有关。治疗卵巢囊肿以手术治疗为主，可以给予腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。
建议首先切除囊肿在考虑怀孕，囊肿有可能影响怀孕，但部分也会怀孕，但怀孕后若囊肿继续长大，在怀孕期间手术对胎儿有可能有影响可以做微创的腹腔镜手术，痛苦小，恢复快，要注意休息，适当加强营养一般是可以怀孕的。
手术是治疗卵巢囊肿的唯一办法。如果确定是良性、囊肿又很小，可以先观察，不做治疗。当良性囊肿很大、压迫周围组织，就应手术切除。如果确定囊肿是恶性的，就应及早手术治疗，同时还应配合放射治疗及抗癌药物治疗。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
可以采用手术治疗方法，良性卵巢囊肿的手术治疗，卵巢囊肿切除术，尤其是绝经前多采用此种术式，输卵管卵巢切除术，适用年龄较大或绝经后的，恶性卵巢囊肿的手术治疗，多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
