巧克力囊肿手术后打针一般是3~6个月，主要应用的是促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a），预防巧克力囊肿复发，也可以治疗手术后疼痛不缓解的病人。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理变化。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
可以根据自身出现的症状判断，发生卵巢囊肿多表现有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿块。以前不痛经者开始痛经或痛经持续加重。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。去正规医院检查一下，通过情况具体的分析。一般没有受到感染是不会引发囊肿快速生长的。巧克力囊肿治疗的方法分为药物疗法和激光疗法。另外如果保守治疗，效果不太好，可能需要做手术治疗的。