一般，巧克力囊肿不超过五公分的，可以选择药物治疗，或是密切观察其大小变化情况。有的巧克力囊肿不会增大，用药后会逐渐萎缩消失，就不必手术治疗了。但是如果巧克力囊肿超过了五公分，那么可以手术治疗，因为囊肿过大有可能会出现蒂扭转，破裂等不良情况发生。
具有生长功能的子宫内膜组织，包括腺体及间质出现在卵巢上，就称之为卵巢巧克力囊肿，通常是由于子宫过度后屈，子宫颈管狭窄，以及月经期间同房而导致经血逆流形成，会引起进行性的痛经以及不孕。西医治疗巧克力囊肿，通常采取手术进行直接切除，而中医则根据患者的具体来进行辨证论治，可以使用血府逐瘀汤和少腹逐瘀汤，以及四妙散来进行加减调理治疗。
卵巢囊肿比较大，并且发生破裂，手术之后还是要打针治疗的。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症造成的，打针是为了不让月经来潮，可以使手术后卵巢有时间好好修复，也可以预防卵巢巧克力囊肿复发。
一般巧克力囊肿不超过5cm都可以不手术先的，定期复查就好了，囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理，一般也没有什么特效药.有必要时可以考虑手术切除。
怀孕和巧克力囊肿没有冲突，巧克力囊肿患者怀孕对胎儿没有影响，怀孕后也不会来月经。
所以子宫内膜异位症引起的巧克力囊肿病灶可能会缩小，巧克力囊肿基本不会增大。但是，在怀孕期间，患者还需要定期进行b超检查巧克力囊肿。如果子宫增大压迫巧克力囊肿，导致巧克力囊肿破裂或巧克力囊肿蒂部扭曲，导致剧烈腹痛，患者需要到急诊科手术就诊，巧克力囊肿可以通过切除治愈。同时，患者需要应用药物保护胎儿。
