巧克力囊肿要到正规的三甲医院进行诊断，根据不同的病情来制定合理的治疗方案，接受系统、科学的治疗，只有对症治疗才会提高治好的几率，千万不要盲目去治疗，以免加重病情。
巧克力囊肿手术后可以积极选择按摩脐周，以及配合萝卜汤等帮助排气较好，术后避免着凉，平时营养均衡多喝水，放松心情，多补充蛋白质如鸡蛋、鱼等，增强抵抗力，同时可以多吃一些水果和蔬菜，补充维生素。
如果巧克力囊肿小，没有明显的自觉症状，可以进行关元穴按摩和适当的体育锻炼的，定期到医院进行复查，通过关元穴的热敷和按摩，持续一定的时间，也有消失的可能。当出现急腹症如腹痛发热等，需及时就诊。
患有巧克力囊肿是影响正常受孕的。
会产生有40%不孕的可能，不过很多患者也是可以正常怀孕的。导致不孕症的原因和囊肿的大小以及粘连的程度有关系，巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一种，多数为一侧卵巢，也有双侧卵巢同时发病。如巧克力囊肿发生破裂，囊内所含的陈旧性经血会向腹腔扩散，严重影响生育功能。囊肿破裂后会引起剧烈腹痛。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。
巧克力囊肿饮食上，注意营养搭配均衡可以吃蔬菜、蛋类、瘦肉、稀饭、面条、馒头、米饭等食物。要吃辛辣食物和油腻食物，不要吃高脂肪食物。不要吃生冷的东西，注意小腹部保暖，保持心情舒畅，适当运动。
