日常生活中一定要注意良好的生活和饮食习惯。饮食上应该尽量清淡，尽量不要多吃辛辣、生冷、油腻的食物。还可以多吃蔬菜和水果，多补充维生素，提高抵抗能力。多喝开水这也是很重要的。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。药物治疗可能会使巧囊的体积有所缩小，但消除巧囊的比较困难。如果药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能仍未恢复者或巧囊直径大于5—6厘米，特别是希望生育者，可以经过腹腔镜手术剔除。
组成针对这一疾病治疗的特色方案--俞氏内异方组，内服、灌肠、局部冷热敷贴等内外治结合。可在消除或控制包块生长的同时，提高而不是抑制病人的卵巢功能，同时能够调节病人卵巢轴功能，使病人体内适合囊肿生长的环境得到纠正，来防止复发的风险。而且对于不孕病人和从保护病人生殖健康的角度看是有意义的，在治疗期间病人的卵巢功能并不会因用药而受到抑制，相反可能有改善作用，这对卵巢的排卵功能、受孕能力等都是有益的。
内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
