如果是单纯的卵巢囊肿，小于4cm的，可以不用治疗，机体能够自己吸收。如果是大于4cm或者为巧克力囊肿，可以考虑手术或者介入治疗。手术治疗可以剥除囊壁，介入疗法创伤小，但是有一定的复发率。
卵巢囊肿恶性治好率在早期较高，但早期发现困难，可通过妇科的组织活检检查出来。对于卵巢癌治疗有研究显示，卵巢癌病人如果能得到早期诊断，其存活率可能达90％左右，但如果发展到癌症晚期，存活率则只有百分之二十。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿常见是良性的，恶性的很少，长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。如果尺寸比较小，可以采取一些药物进行活血化瘀治疗，定期复查。如果尺寸比较大，就需要通过手术处理。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。
