巧克力囊肿如果不积极治疗，可能发生巧囊破裂，类似急腹症，逼迫病患急诊就诊。因此建议病患检查确诊巧囊及时治疗。巧囊有药物治疗和手术治疗两种方法，对于较大的巧囊药物治疗效果不好，而手术治疗可以祛除病灶的同事尽可能的保留卵巢功能。建议选择甲三级正规专业的医院，治疗效果有保证，更安全。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿病人多吃些富有营养的食物比较好，合理的膳食搭配不仅有素，还有荤菜。肉类食物能够补充人体必需的氨基酸，蛋白质，脂肪等，是病人饮食中不可缺少的。如瘦肉，鸡肉，鸡蛋，鲫鱼，鳗鱼，文蛤，黑米，花生等。这些食物都含有丰富的营养，能够补充身体体力，给身体提供能量。另外可以煲些汤喝，如鸡汤和鱼汤等，或者是煮些南瓜粥，蔬菜汤等，不仅有营养而且滋补身体，不会刺激肠胃。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。