卵巢囊肿的治疗方式与病患的年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及病患的主观愿望等因素都有关。治疗卵巢囊肿以手术治疗为主，可以给予腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。
建议首先切除囊肿在考虑怀孕，囊肿有可能影响怀孕，但部分也会怀孕，但怀孕后若囊肿继续长大，在怀孕期间手术对胎儿有可能有影响可以做微创的腹腔镜手术，痛苦小，恢复快，要注意休息，适当加强营养一般是可以怀孕的。
手术是治疗卵巢囊肿的唯一办法。如果确定是良性、囊肿又很小，可以先观察，不做治疗。当良性囊肿很大、压迫周围组织，就应手术切除。如果确定囊肿是恶性的，就应及早手术治疗，同时还应配合放射治疗及抗癌药物治疗。
卵巢囊肿术后一般1个月可以同房。
卵巢囊肿手术之后，通常要禁欲一个月。术后妇女身体的免疫力和抵抗力都会下降，一般要休息一个月才会痊愈。术后一个多月内可以有性生活，体质好、恢复的比较好。不过在同房的时候要温柔，不要做的太过激烈，在同房之前和之后要保持良好的个人卫生。如果出现身体不适，建议及时就医进行治疗。
一般情况下，卵巢囊肿可以同房，具体内容如下：
卵巢囊肿病灶在盆腔中，发生性关系不会导致囊肿扩大，所以，卵巢囊肿可以同房。不过要避免同房的次数太多，以免导致子宫内膜囊肿的破裂和扭曲。卵巢囊肿的种类很多，特别是中等大小、质地不规则、带蒂的囊，当身体姿势变化或激烈运动时，最可能导致腹部不适。此外，有子宫内膜异位囊肿，也会导致盆腔粘连、性交痛等问题，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗，有利于身体健康。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。