卵巢囊肿的治疗方式与病患的年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及病患的主观愿望等因素都有关。治疗卵巢囊肿以手术治疗为主，可以给予腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。
建议首先切除囊肿在考虑怀孕，囊肿有可能影响怀孕，但部分也会怀孕，但怀孕后若囊肿继续长大，在怀孕期间手术对胎儿有可能有影响可以做微创的腹腔镜手术，痛苦小，恢复快，要注意休息，适当加强营养一般是可以怀孕的。
手术是治疗卵巢囊肿的唯一办法。如果确定是良性、囊肿又很小，可以先观察，不做治疗。当良性囊肿很大、压迫周围组织，就应手术切除。如果确定囊肿是恶性的，就应及早手术治疗，同时还应配合放射治疗及抗癌药物治疗。
卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
卵巢囊肿多数是由妇科炎症引起的，先吃一些抗炎药物等月经干净，三天之后需要复查彩超，看是否有减小的趋势，囊肿大小不超过五厘米，如果有效果当然更好，如果观察超过五厘米，可以考虑手术治疗。
左侧卵巢囊肿，如果患者的囊肿已经确诊为病理性囊肿，可以在医生指导下通过手术治疗，如开腹手术、腹腔镜手术等。腹腔镜的手术损伤比较小，身体恢复得会快一些，但手术得费用也会相对较高。建议患者在手术后需要将剔除的囊肿送病理化验，并定期复查，了解自身身体的恢复情况，因为如果患者得囊肿属于卵巢巧克力囊肿，复发性会比较高。