一般情况下，卵巢囊肿腹腔镜手术的费用在1万左右，医院的等级以及药物使用情况会决定具体的费用，具体如下：
在女性去医院检查彩超时，如果发现大于5公分的卵巢囊肿，一般建议使用腹腔镜手术将卵巢囊肿剥离。因为囊肿太大，为避免囊肿扭转和破裂在剧烈活动或者体位改变后就可能出现，建议卵巢囊肿腹腔镜手术后，患者应当卧床休息一周左右的时间，需要等到腹部切口正常恢复后，便可正常活动。
卵巢囊肿有两种类型，一种是生理性的，一种是病理性的。需分情况讨论：
1.生理性：生理性的卵巢囊肿，通常不需要特殊治疗，一般来过月经之后，囊肿会自动消失。这种囊肿是因为受到激素水平波动的影响而暂时性发生，来过月经之后，自己会消失。
2.病理性：病理性的卵巢囊肿，如果没有明显的症状，直径小于五公分，可以先定期观察，暂不手术治疗。若囊肿直径超过五公分，伴有明显的症状，例如有腹痛、不规则的阴道流血、不孕的症状，患者一般需要接受手术治疗，通常预后良好。
右侧卵巢囊肿，做手术治疗，如果是普通的手术费用也就三四千元，如果通过介入的方法做手术，手术费用还高一些，得1万元左右，不过医保能够报销一部分手术费用，一般术后得住院观察一周。
卵巢囊肿的治疗取决于囊肿的大小和症状。有必要在所有方面采取保守的药物治疗或选择性手术。对于对内分泌影响较大的多种囊性疾病，进行手术治疗。对于小单囊肿可能是生理性的，所以可能是自我恢复，定期复查彩超等，囊肿也可以在选择中医治疗方面有一定作用。
卵巢囊肿手术不算大手术，因为各级医院的收费标准是不同的，手术的性质也是不同的，有开腹手术，还有做腹腔镜手术两种。所以费用上也有所差距。具体的费用，建议咨询一下想就诊的医院，建议术后注意休息，保持心情舒畅。