巧克力囊肿主要是平时痛经和月经量增多的情况引起的，也是会影响怀孕的，囊肿比较大的，也是需要手术来治疗的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加怀孕的几率。
左侧巧克力囊肿的治疗方法为手术，保守治疗的方法多是利用假绝经疗法。妊娠及产后很长一段时间的闭经，对其病灶有很好的治疗作用。如果急着怀孕，可以先试妊娠，能怀孕则可以等生完孩子再考虑手术问题。
生理性囊肿不需要手术，病理性囊肿通常需要手术来确认诊断并相应地治疗。去正规医院检查做B超。彩色B超，X线检查，腹腔镜检查等先进的诊断技术可用于卵巢囊肿的早期诊断。虽然卵巢囊肿易于恶变，但只要早期发现，早期发现和早期治疗都可以避免。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
巧克力囊肿的护理要保证充分的睡眠：每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。还可以适量喝些红酒：红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃一些一些豆腐豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
卵巢巧克力囊肿的危害有：引起月经不调、腹痛、性生活痛等不适症状；造成盆腔器官的粘连；导致弥漫性腹膜炎；引起输卵管阻塞，导致不孕。反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛。需要去正规医院专科治疗的。
