宫内膜异位症的治疗方案，年龄和生育情况而有所不同。如病情较重，或表现为重的痛经，或盆腔检查发现有肯定的内膜异位结节，就必须采取药物或手术治疗。采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
子宫内膜异位保守治疗：子宫内膜异位是可以通过药物来治疗的，药物可以使子宫内膜异位的病灶缩小，让症状减轻。通过药物治疗子宫内膜异位，目的是抑制卵巢功能，以诱发异位子宫内膜萎缩。
轻微子宫内膜异位治疗办法有，保守治疗多采用假孕或假绝经疗法。手术治疗，即将两侧卵巢和子宫全部切除。所引起的并发症，后遗症给身心造成一定的痛苦，术后会发生绝经期综合症。保守性手术，将病变部位局部切除，剥离，剔除。
子宫内膜异位症西医治疗方法有手术和药物两种：药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法。手术治疗。用中医的辨证施治方法，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。
子宫内膜异位症不好治，目前没有很好的治疗方法。子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织，由于某种因素的影响而在子宫腔以外的其他地方生长繁殖的一种病症。对妇女而言子宫内膜异位症是常见的病，有痛经、不孕等症状且容易复发等。
治疗方法有药物治疗和手术治疗两种。药物治疗一般是通过激素类药物来进行治疗，另外避孕药和中成药对子宫内膜异位也有一定的疗效。手术治疗是指直接将病灶切除，但术后也需要药物治疗来补充巩固疗效。