治疗方法有药物治疗和手术治疗两种。药物治疗一般是通过激素类药物来进行治疗，另外避孕药和中成药对子宫内膜异位也有一定的疗效。手术治疗是指直接将病灶切除，但术后也需要药物治疗来补充巩固疗效。
腹腔镜手术治疗，年轻的女性有生育要求或盆腔检查，卵巢包块较大，建议采用腹腔镜手术，保留正常的卵巢功能。根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。
子宫内膜异位症不好治，目前没有很好的治疗方法。子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织，由于某种因素的影响而在子宫腔以外的其他地方生长繁殖的一种病症。对妇女而言子宫内膜异位症是常见的病，有痛经、不孕等症状且容易复发等。
子宫内膜异位症西医治疗方法有手术和药物两种：药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法。手术治疗。用中医的辨证施治方法，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。
治疗方法分药物和手术治疗，效果较好的就是手术，分为保留生育功能手术和保留卵巢功能的手术。仅切除内膜异位病灶，保留卵巢和子宫。适用于年轻、想保存生育机能者。严重会切除的子宫附件和病灶，这样就会导致彻底失去生育能力。
子宫内膜异位症在功能上随雌激素水平而有明显变化，即随月经周期而变化，但仅有部分受孕激素影响，能产生少量“月经”而引起种种临床现象。病人如受孕，异位内膜可有蜕膜样改变。这种异位内膜虽在其他组织或器官内生长，但有别于恶性肿瘤的浸润。