子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。
通常情况下，患者可以通过使用药物、手术治疗等方式进行治疗子宫内膜异位症。具体情况分析如下：
使用药物：子宫内膜异位症患者可以口服避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）、雄激素类药物（丹那唑）、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）等。
手术治疗：年轻且有生育要求的患者，应进行保留生育功能手术；已有子女且患者年龄较大，应进行保留卵巢功能手术。
子宫内膜异症状，最常见的症状就是有痛经的，最常用的治疗方式就是药物治疗，假孕疗法，也有带节育环治疗。手术治疗等。可以到当地的公立三甲医院，进行治疗。如果这种疾病长期没有得到有效的治疗，经血还会通过输卵管逆流到卵巢位置，引起巧克力囊肿的情况的。平时要多注意局部卫生。治疗期间不要有性生活。保持乐观心态，使机体免疫系统功能正常。
假孕疗法：是用强力的孕激素避孕药物，使子宫内膜最后发生萎缩。假绝经疗法：使用雄激素的衍生物，强烈地抑制卵巢的功能。手术疗法：适用于卵巢上发生的巧克力囊肿，保药物治疗无效者。治疗的时间，根据不同的病情，治疗的时间也是不同的。
根据每个病人的具体情况进行个体化的手术治疗。经腹腔镜手术还是开腹手术取决于操作者的经验和技术，不完全取决于疾病期别。子宫内膜异位症手术治疗通常有三种方式，即保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术。
子宫内膜异位症的临床表现包括痛经、非经期盆腔疼痛、性交疼痛，以及排卵期疼痛、便秘、排尿困难等其他罕见症状，严重影响着生育期女性的生活质量，内在性子宫内膜异位症，月经量往往增多，经期延长。