内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
卵巢巧克力囊肿通常就是由于，子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，而且没有引起明显的痛经，这时候就可以不用进行特殊的处理治疗。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。
理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，但癌变率极低，不超过5%。