巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，临床原则是手术治疗，现代医疗水平先进，可以不用开刀，直接用微创术，在腹部0.5CM小切口，入院到出院三至五天，将巧囊剥离，再在术中用药物及生物防粘膜，这样可以不再复发。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
卵巢巧克力囊肿治疗费用在2000元-4000元。巧克力囊肿就是子宫内膜异位症引起的，对于巧克力囊肿的治疗，包括药物治疗和手术治疗，除了进行治疗的手术以外，其他的治疗方式都是有可能会复发的。巧克力囊肿的治疗费用，根据所处地区消费水平不同，就诊医院的级别和性质不同。
坚持做仰卧起坐有利于疾病的治疗，并能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高人体的抗病能力，可以有效地治疗疾病，并能防止疾病的复发，应该选择合适的锻炼方法根据身体条件，每天锻炼。还能提高人体免疫力，预防疾病的发生，有助于疾病的治疗。坚持慢跑能促进人体新陈代谢，可以帮助身体排毒，可以提高自身的免疫功能，帮助治疗疾病，慢跑是一项非常健康的有氧运动，坚持慢跑可以加速血液循环，加速身体排毒。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显，需要及时确诊和治疗，防止疾病加重很关键。