巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
巧克力囊肿是可以治疗的，但是也会复发；在女性来月经时未流净残留物，积血淤堵，时间长久堆积就会形成的巧克力囊肿，一般都是良性病变。治疗方法可以进行手术治疗，注意手术后复查。养成良好的生活习惯，戒烟戒酒，注意妇科卫生，勤换内裤，穿棉质的内裤。
对于巧克力囊肿能需要治疗多久是要看个人的情况的，确诊后宜立即手术，术后一般仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和种植病灶的产生。
保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。但是想让卵巢内的巧克力囊肿完全消失不太可能，停药后仍有复发的可能。对于一些患者来说，采用手术治疗是最好的治疗方法，尤其是囊肿较大的患者。
巧克力囊肿不可以治疗恢复，但是可以通过手术和配合药物的治疗使巧克力囊肿起到暂时性的治疗作用。巧克力囊肿是由于子宫内膜组织异位到卵巢上生长发育萎缩坏死而导致。
可以用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，是在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否，完全，现在还不能确定。是在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。