日常生活中一定要注意良好的生活和饮食习惯。饮食上应该尽量清淡，尽量不要多吃辛辣、生冷、油腻的食物。还可以多吃蔬菜和水果，多补充维生素，提高抵抗能力。多喝开水这也是很重要的。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
可采用药物或手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。
巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。