子宫内膜异位症发病原因不明，主要与下列因素相关：
1、目前认为子宫内膜异位症病因的理论是基于植入理论，也就是经血逆流理论，在怀孕期间，女性在经期的时候，会有一小部分的血液从经脉中流出，然后进入腹腔，再将血液中的活性子宫内膜细胞带到腹腔，然后植入引起炎症的病变。
2、子宫内膜异位与淋巴管的转移密切相关。
3、遗传因子相关。
4、与炎症、免疫等因素相关。
大多数都是和个人体质有关系，但是也有一些是和炎症，经期同房，经期剧烈运动，经血逆流，这些情况有一定的关系。内膜细胞本该生长在子宫腔内，但由于子宫腔通过输卵管与盆腔相通，因此使得内膜细胞可经由输卵管进入盆腔异位生长，病因一般有经期同房，剖腹产，妇科疾病等造成。
女性出现慢性骨盆痛、痛经、慢性骨盆疼痛是女性的主要表现，主要表现为下腹深处的腰骶部，也有女性长期慢性下腹疼痛，引起慢性骨盆疼痛。
其次，可能会有性交疼痛，也会有月经不正常的现象，比如月经过多，月经周期延长，甚至会引起不育。出现腹痛、腹泻、便秘等症状也会出现。如果是子宫内膜异位症对输尿管造成的，可能会出现腰痛、血尿、肾积水、肾功能异常等情况。
子宫内膜异位有痛经的风险，此时的痛经是继发性、渐进性的，一般出现在经期的前1-2日，头一日最为剧烈，但是之后对随着时间疼痛会慢慢减轻，痛经后痛感会减轻；也会导致不育，几率约为40-50%；子宫内膜移入直肠、盆腔后会有便秘、里急后重、腹泻等症状；移植到尿道部位，可能会发生周期性尿频、尿急、尿痛等症状。
子宫内膜异位症是子宫内膜种植在子宫以外的地方，比如种植在盆腔内。子宫内膜异位症的形成原因是在月经来潮期间有剧烈的运动，同房，则会导致经血逆行导致子宫内膜异位。
容易子宫内膜异位的原因是子宫位置不正，正常子宫位置为前倾前屈，以利于经血流出，如果子宫后倾后屈，尤其程度较重者，容易造成经血流出不畅，积聚子宫腔，使子宫腔内的压力增加，给经血逆流进入腹腔创造了条件。