介于良性和恶性之间的卵巢囊肿称为交界性卵巢囊肿，又称低恶性潜能肿瘤，有向恶性转变的可能，但也可向良性转变，通常交界性卵巢囊肿其预后较好，对于尚未生育的年轻病人可以行保留生育功能的手术。卵巢交界性治疗方法是微创腹腔镜联合手术治疗，复发较少。
卵巢囊肿有生理性和病理性，生理性不用治疗，几周后可自行消失，病理性超过5.0cm可手术治疗，如果不手术很容易发生卵巢蒂扭转，对以后生育也有一定的影响。如果囊肿不大，暂时可以不用手术，做好定期复查，超过5.0m可能在做手术，可以做腹腔镜手术，创伤小，恢复快。
大部分卵巢囊肿是没有症状的，只是在妇科检查的时候，或者B超检查的时候偶尔发现，囊肿比较大的情况下，有些人会感到腹胀，或者腹部能摸到包块。囊肿如果特别大，可能会出现一些压迫症状，比如尿频，便秘，心慌，呼吸困难这些。卵巢囊肿发生蒂扭转或者囊肿破裂的时候，会有剧烈的腹痛。没有并发症的囊肿，大多没有任何症状。
卵巢囊肿的主要症状表现为下腹不适感，下腹或骼窝部充胀、下坠感。按腹部而发现腹内有肿物，感觉腹痛，月经出现紊乱，囊肿若发生扭转，则有严重腹痛腹帐、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。
一部分女性长时间不治疗就会变成卵巢囊肿癌，也有可能会出现腹水的问题，卵巢良性肿瘤恶变多发生于年龄较大特别绝经后者，肿瘤在短期内迅速增大。女性患上了卵巢囊肿，如果不进行治疗则会发生蒂扭转，那么这会产生一系列的破坏。
卵巢囊肿不治的后果是出现破裂的现象，因为约3％的卵巢肿瘤会发生破裂。感染，较少见，多因肿瘤扭转或破裂后引起，感染也可来自邻近器官感染灶如阑尾脓肿扩散。蒂扭转，为常见的妇科急腹症，约10％的卵巢肿瘤并发扭转。