巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
巧克力囊肿中医治疗方法：去当地正规的中医医院，用中成药止疼化颗粒，能够益气活血，散结止疼，可以治疗卵巢囊肿，还可以调经。效果很好，平时要注意休息，多喝热水。还要注意卫生。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是因子宫内膜移位到卵巢内引发的一种疾病，是子宫内膜异位症中最常见的一种，与肿瘤性质的卵巢囊肿有着本质区别，卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血不断的增加，囊肿体积也随之增大，当囊腔内积血过多，压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，治疗有保守和手术两种方法，保守疗法一般是考虑中医中药的方法。
具有生长功能的子宫内膜组织，包括腺体及间质出现在卵巢上，就称之为卵巢巧克力囊肿，通常是由于子宫过度后屈，子宫颈管狭窄，以及月经期间同房而导致经血逆流形成，会引起进行性的痛经以及不孕。西医治疗巧克力囊肿，通常采取手术进行直接切除，而中医则根据患者的具体来进行辨证论治，可以使用血府逐瘀汤和少腹逐瘀汤，以及四妙散来进行加减调理治疗。
中医是可以服用桂枝茯苓胶囊，或者在当地医生指导下，服用中药辨证施治调理的。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常的情况下，不需要进一步治疗，如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
