术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，多有人流史或者剖宫产史，没有性生活的女性也有可能是经血逆流造成的。可引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。
中医巧克力囊肿应该坚持吃中药成药或草药治疗，即可消除囊肿，又可以调理月经，中医认为气血失调有很大的关系。一般通过调理气血来达到消瘤化疗的作用，让人体吸收或者是在外拍消除病变。中医治疗卵巢巧克力囊肿是遵循治病求本的原则，以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。
小腹不适，小腹疼痛，有一个坚实而无痛的肿快；白带异常，色黄异味；月经失常；有时性生活会疼痛，进行手术治疗和药物治疗，治疗以后再进行备孕。可以选择腹腔镜等微创疗法进行治疗。
巧克力囊肿中医治疗方法：去当地正规的中医医院，用中成药止疼化颗粒，能够益气活血，散结止疼，可以治疗卵巢囊肿，还可以调经。效果很好，平时要注意休息，多喝热水。还要注意卫生。
可以进行腹腔镜下卵巢囊肿剔除术，保留卵巢，不会对以后的生育有影响。若病理检查确诊为巧克力囊肿，术后须继续服用药物半年，预防复发。停药后尽早准备怀孕，妊娠对子宫内膜异位症有积极的治疗意义。