治疗方法有药物治疗和手术治疗两种。药物治疗一般是通过激素类药物来进行治疗，另外避孕药和中成药对子宫内膜异位也有一定的疗效。手术治疗是指直接将病灶切除，但术后也需要药物治疗来补充巩固疗效。
子宫内膜异位症西医治疗方法有手术和药物两种：药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法。手术治疗。用中医的辨证施治方法，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。
子宫内膜异位症不好治，目前没有很好的治疗方法。子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织，由于某种因素的影响而在子宫腔以外的其他地方生长繁殖的一种病症。对妇女而言子宫内膜异位症是常见的病，有痛经、不孕等症状且容易复发等。
治疗方法分药物和手术治疗，效果较好的就是手术，分为保留生育功能手术和保留卵巢功能的手术。仅切除内膜异位病灶，保留卵巢和子宫。适用于年轻、想保存生育机能者。严重会切除的子宫附件和病灶，这样就会导致彻底失去生育能力。
到目前为止子宫内膜异位症的发病原因还不太明确，可选择保守治疗和手术治疗，需要到专业妇科医院进行检查，明确病因病情，再根据检查结果选择科学的针对性治疗方法，还需要保持良好的心态积极配合治疗。
子宫内膜异位可采用保守性手术和半保守手术治疗：前者切除病变组织，保留子宫卵巢，后者切除病变组织和子宫，保留卵巢，通过年龄和生育需求确定手术方式；也可将子宫卵巢同时切除。