如果是单纯的卵巢囊肿，小于4cm的，可以不用治疗，机体能够自己吸收。如果是大于4cm或者为巧克力囊肿，可以考虑手术或者介入治疗。手术治疗可以剥除囊壁，介入疗法创伤小，但是有一定的复发率。
卵巢囊肿恶性治好率在早期较高，但早期发现困难，可通过妇科的组织活检检查出来。对于卵巢癌治疗有研究显示，卵巢癌病人如果能得到早期诊断，其存活率可能达90％左右，但如果发展到癌症晚期，存活率则只有百分之二十。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
当地的三甲不同类型的卵巢囊肿，有不同的治疗方法：真正的卵巢肿瘤，要根据肿瘤的性质及组织分类进行特异性治疗；如果是恶性肿瘤，要应根据肿瘤分期选择不同的治疗方法，常见有手术切除等。
恶性卵巢囊肿属于恶性程度比较高的肿瘤，虽然有很多治疗方法，治好的可能性比较小。主要是手术、化疗、放疗等多种方式结合进行医治，可以尝试中医进行调理，要合理饮食，营养均衡，忌食生冷寒凉及辛辣刺激的食物。
可以治好的，卵巢囊肿在一般无症状下可以保守治疗，可试用一些中医治疗方法，如果囊肿蒂扭转，会产生剧烈疼痛，合并感染，囊肿破裂囊肿生长迅速，体积增大就必须手术治疗，所以经常复查。