巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿需要病人的具体病情，进行针对性的治疗，目前此病可以采用药物治疗，比如口服避孕药，适应于轻度病人。孕激素治疗即服用高效孕激素造成假孕，还可以通过手术治疗。
腹腔镜手术一定会对卵巢有很大的伤害，不到最后千万不要选择手术，而且手术后试管的成功率会比术前的低，因为术后卵巢功能不行，促排都取不到什么卵子的。发现自已得了巧囊，不要急，下个月来姨妈再复查一下，如果真是巧囊，先看大小，没到手术指标，就去看中医，吃中药调理备孕。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗（保守性）。迄今为止，除彻底性手术外，尚无一种理想的治疗方法。
根本上治疗巧克力囊肿，有两种办法。切除双侧卵巢，手术过程中会将巧克力囊肿一并切除，因为卵巢是女性的内分泌器官，切除卵巢，激素水平下降，女性就不会再来月经，手术后残存的巧克力囊肿慢慢就会萎缩吸收。使用药物模拟人工闭经，主要是用药物来抑制卵巢功能，达到闭经的状态，从而使得巧克力囊肿，逐渐萎缩并吸收。
巧克力囊肿很难治好。卵巢巧克力囊肿通过手术的方式可以治疗，但是由于卵巢巧克力囊肿是因为具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，而引起周期性的出血所造成的。所以巧克力囊肿在术后复发率非常高，为了避免复发，在术后要应用药物3个月到半年的时间。
